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<font face="바탕" size="2">MULTIPLE ALIGNMENT MODE를 선택한 후 ALIGNMENT menu로 들어가 multiple alignments를 실시한다.</font><p style="LINE-HEIGHT: 160%" align="justify"><font face="바탕" color="#000000" size="2"> Multiple alignments 는 3단계로 이루어진다.</font></p><p style="LINE-HEIGHT: 160%" align="justify"><font face="바탕,신명조" color="#000000" size="2">1) 모든 서열들은 서로 간에 비교된다 (pairwise alignments);</font></p><p style="LINE-HEIGHT: 160%" align="justify"><font face="바탕,신명조" color="#000000" size="2">2) 유사성으로 서열들의 개략적인 grouping을 기술하는 dendrogram (like a phylogenetic tree) [[다중정렬]]은 3개 이상의 [[문자열]]이 형성된다 (stored in a file).</font>존재하는 경우 이들 문자열을 이루는 서열들 사이의 [[유사성]]을 검색하기 위하여<br /p><p style="LINE-HEIGHT: 160%" align="justify"><font face="바탕,신명조" color="#000000" size="2">3) 마지막으로 dendrogram을 guide로 사용하여 multiple alignment를 실시한다사용되는 방법이다.[[단백질]]들 사이에 공통으로 존재하는 [[서열]]을 가진다는 의미는 생물학적으로 매우 중요한<br /font></p><p style="LINE-HEIGHT: 160%" align="justify"><font face="바탕,신명조" color="#000000" size="2"> </font></p><p style="LINE-HEIGHT: 160%" align="justify"><font face="바탕,신명조" color="#000000" size="2"> 이 3 단계는 </font><font face="바탕,신명조" color="#000000" size="2"><strong>DO COMPLETE ALIGNMENT option</strong></font><font face="바탕,신명조" color="#000000" size="2">을 선택하면 자동으로 수행된다. 기존의 guide tree file을 사용하여 첫 번째 단계 (pairwise alignments; guide tree)를 생략할 수도 있다 (DO ALIGNMENT FROM GUIDE TREE); 또는 multiple alignment 없이 guide tree 만을 만들 기능을 찾아낼 수 있다 (PRODUCE GUIDE TREE ONLY)있음을 내포한다.</font></p>