다중정렬은 3개 이상의 문자열이 존재하는 경우 이들 문자열을 이루는 서열들 사이의 유사성을 검색하기 위하여사용되는 방법이다. 단백질들 사이에 공통으로 존재하는 서열을 가진다는 의미는 생물학적으로 매우 중요한기능을 찾아낼 수 있음을 내포한다.