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<font face="바탕" size="2">MULTIPLE ALIGNMENT MODE를 선택한 후 ALIGNMENT menu로 들어가 multiple alignments를 실시한다.</font>
<p style="LINE-HEIGHT: 160%" align="justify"><font face="바탕" color="#000000" size="2"> Multiple alignments 는 3단계로 이루어진다.</font></p>
<p style="LINE-HEIGHT: 160%" align="justify"><font face="바탕,신명조" color="#000000" size="2">1) 모든 서열들은 서로 간에 비교된다 (pairwise alignments);</font></p>
<p style="LINE-HEIGHT: 160%" align="justify"><font face="바탕,신명조" color="#000000" size="2">2) 유사성으로 서열들의 개략적인 grouping을 기술하는 dendrogram (like a phylogenetic tree) 이 형성된다 (stored in a file).</font></p>
<p style="LINE-HEIGHT: 160%" align="justify"><font face="바탕,신명조" color="#000000" size="2">3) 마지막으로 dendrogram을 guide로 사용하여 multiple alignment를 실시한다.</font></p>
<p style="LINE-HEIGHT: 160%" align="justify"><font face="바탕,신명조" color="#000000" size="2"> </font></p>
<p style="LINE-HEIGHT: 160%" align="justify"><font face="바탕,신명조" color="#000000" size="2"> 이 3 단계는 </font><font face="바탕,신명조" color="#000000" size="2"><strong>DO COMPLETE ALIGNMENT option</strong></font><font face="바탕,신명조" color="#000000" size="2">을 선택하면 자동으로 수행된다. 기존의 guide tree file을 사용하여 첫 번째 단계 (pairwise alignments; guide tree)를 생략할 수도 있다 (DO ALIGNMENT FROM GUIDE TREE); 또는 multiple alignment 없이 guide tree 만을 만들 수 있다 (PRODUCE GUIDE TREE ONLY).</font></p>
<p style="LINE-HEIGHT: 160%" align="justify"><font face="바탕" color="#000000" size="2"> Multiple alignments 는 3단계로 이루어진다.</font></p>
<p style="LINE-HEIGHT: 160%" align="justify"><font face="바탕,신명조" color="#000000" size="2">1) 모든 서열들은 서로 간에 비교된다 (pairwise alignments);</font></p>
<p style="LINE-HEIGHT: 160%" align="justify"><font face="바탕,신명조" color="#000000" size="2">2) 유사성으로 서열들의 개략적인 grouping을 기술하는 dendrogram (like a phylogenetic tree) 이 형성된다 (stored in a file).</font></p>
<p style="LINE-HEIGHT: 160%" align="justify"><font face="바탕,신명조" color="#000000" size="2">3) 마지막으로 dendrogram을 guide로 사용하여 multiple alignment를 실시한다.</font></p>
<p style="LINE-HEIGHT: 160%" align="justify"><font face="바탕,신명조" color="#000000" size="2"> </font></p>
<p style="LINE-HEIGHT: 160%" align="justify"><font face="바탕,신명조" color="#000000" size="2"> 이 3 단계는 </font><font face="바탕,신명조" color="#000000" size="2"><strong>DO COMPLETE ALIGNMENT option</strong></font><font face="바탕,신명조" color="#000000" size="2">을 선택하면 자동으로 수행된다. 기존의 guide tree file을 사용하여 첫 번째 단계 (pairwise alignments; guide tree)를 생략할 수도 있다 (DO ALIGNMENT FROM GUIDE TREE); 또는 multiple alignment 없이 guide tree 만을 만들 수 있다 (PRODUCE GUIDE TREE ONLY).</font></p>
