DALIDALI알고리즘은 두 단백질 간의 유사한 결합 패턴을 찾아내고 최적화 한후 그 단백질에 대한 최상의정렬로 만들어준다. 이 방법은 어떤 길이의 공백도 수용할수 있고 정렬된 세그먼트 간의 교차 연결을 인정함으로써 두 단백질이 확연히 달라보이지만 연관관계가 있을경우 이를 찾을수 있게 된다.DALI는 PDB자료를 이용해 분석하거나 사용자에 의해 PDB 포맷으로 제출된 하나의 좌표 세트를 사용해 분석하게 된다.