PDB
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PDB (Protein Data Bank)
PDB는 실험으로 밝혀진 단백질의 구조와 기능등 단백질 정보를 모아놓은 곳으로 미국의 Brookhaven National Laboratory에서
운영하고 있다. 단백질 ID, 기능, 발견자, 구조등의 다양한 단백질의 정보를 저장하고 있다.
# PDB 사용목적
1. 관심 단백질의 구조 파악
2. 하나 또는 그 이상의 구조에 대한 분석 수행
3. 부가적인 정보제공
4. 3D 구조와 좌표를 통해 쉽게 알수 있도록 함
# PDB Database 포맷
- PDB format : 커뮤니티에서 널리 사용되는 형식으로, 구조 정보를 분석하는 프로그램의 defort 값으로 되어있다.
- mmCIF format : CIF format을 통해 충분한 데이터 이름을 주어서 단백질 구조를 논문에 사용하며,
전산상의 문서를 통합하고, 일반성, 호환성및 유연성을 이루고 있다.
http://www.rcsb.org/
PDB 2008 Stat
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Proteins
|
Nucleic Acids
|
Protein/NA complexes
|
Other
|
Total
|
X-ray diffraction
|
41792
|
1067
|
1920
|
24
|
44803
|
NMR
|
6481
|
814
|
138
|
7
|
7440
|
Electron microscopy
|
132
|
11
|
49
|
0
|
192
|
Other
|
90
|
4
|
4
|
2
|
100
|
Total
|
48495
|
1896
|
2111
|
33
|
52535
|