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전산생물학

No change in size, 16:52, 26 January 2006

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[[컴퓨터]]를 이용하는 [[생물학]]이라는 뜻으로 전산생물학 (computational biology)이라는 용어가 사용되어 왔지만, 이 용어는 주로 복잡한 계산이 필요한 [[생명과학]] 분야에서 제한적으로 사용되어 왔다. 예를들면 [[단백질]]의 구조를 컴퓨터로 연구하는 전산구조생물학 (computational structural biology) 분야가 이에 포함된다. 그 러나 최근(1995년)들어 [[분자유전학]], [[분자생물학]], [[유전공학]]의 급격한 발전과 [[유전체]]사업의 결과로 방대한 [[생명정보]]가 축적되자 [[컴퓨터]]를 이용하여 체계적인 [[데이터베이스]]를 구축하고 이를 효율적으로 분석, 이용하려는 노력이 증대되어 왔다. 그리고 정보화 시대를 맞이하여 [[정보학]]이라는 용어가 각광을 받게 되자 최근에 [[생정보학]], [[생명정보학]], [[생물정보학]]이라는 용어가 새로 등장함.

Computational biology On-Line News

[http://www.bmn.com/ 생명과학 뉴스소식지]  : 매일매일 새로운 생명과학 소식을 볼 수 있습니다. [http://www.sciencedaily.com/ Science Daily]  : offers the latest discoveries and research projects in all fields of science from labs across North America [http://www.bioworld.com/ BioWorld Online]  : biotechnology news and information. Contains weekly headlines, information on market activity, forums, job information, and more. [http://bubl.ac.uk/link/b/biologynews.htm Biology news]  : Biology news

Computational biology Application Program

[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 유전자 서열 연구 도구]  : 미 국립 생명공학 정보센터에서 만든 이 도구는 서열간의 불완전한 복제 부분의 패턴을 검색하고 생물학적 의미를 갖는 유연관계를 파악하는 도구이다. [http://phylogeny.arizona.edu/tree/phylogeny.html 생명트리 프로젝트]   : 미 아리조나 대학의 생명트리 프로젝트로서 유전자 정보를 수집하고 목록화 한다. [http://bric.postech.ac.kr/gik/ GeneIn]  : 한국 유전자데이터베이스(GeneNuri) 및 입력 프로그램(Gene-In). [http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ VMD "Visual Molecular Dynamics" 1.4 beta 1]  : 단백질, 핵산, lipid bilayer assemblies 같은 macro- molecule들의 3차 구조를 보여 주고 분석을 위한 프로그램 패키지인 VMD가 Windows에서 실행할 수 있는 1.4 버전을 제공 [http://alpha2.bmc.uu.se/~gerard/srf/prosal.html ProSAL - Protein Sequence Analysis Launcher]  : 단백질 서열을 한번 입력해서 여러 개의 단백질 분석이 동시에 가능한 곳. BLAST searches, FASTA3, Pfam, ScanProsite, ScanProfile,ProDom, NetOGlyc 서버 등에서 분석한 결과를 보여 준다 [http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html TMPRED]  : Transmembrane을 예측해 주는 곳 [http://www.enzim.hu/hmmtop/ HMMTOP]  : Transmembrane을 예측해 주는 곳 [http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/ PredictProtein]  : Transmembrane을 예측해 주는 곳 [http://www.kazusa.or.jp/codon/ Codon usage Database]  : CUTG (Codon Usage Tabulated from GenBank)의 웹 버전으로 Genbank에 들어 있는 DNA 서열을 바탕으로 각 종들의 codon 사용 빈도를 검색해 준다.  [http://www.ccbb.re.kr/ccbb/pir/pir.jsp KISTI 바이오인포메틱스센터]   : 단백질 데이터 베이스와 분석도구를 제공한다.

Computational biology 연구용 도구

[http://www.nih.go.jp/~jun/research/body.html 연구용 도구모음]  : Research Tools로, Cell & Gene Collection, Linked Database, Nucleic Acid & Protein, Model Organisms, Compounds, Literature 등의 Database 정보검색site. [http://www.acdlabs.com/products/chem_dsn_lab/chemsketch/ ACD/ChemSketch 3.5]  : 화학 구조를 그려주는 프로그램.N약간의 제한이 있는 freeware. 하지만, 복사, 붙이기 가능.부가적으로 분자식이나 화학 구조식도 계산해 주며 밀도와 refractive index도 예상해 준다. Windows용 [http://www.graphpad.com/prism/Prism.htm Prism]  : 데이터를 분석해 그래프를 그려주는 프로그램.30일간 full evaluation 가능. Windows/mac 용 [http://www.bmn.com/ Technical Tips Online]  : Peer-reviewed molecular biology technical, product, and company information from Elsevier Trends Journals [http://www.dartmouth.edu/artsci/bio/ambros/protocols.html Comprehensive Protocol Collection]  : Comprehensive collection of molecular biology and Nematode-related protocols, including many standard biological assays & stainings. [http://www.nwfsc.noaa.gov/errorprocessing/nwfsc_error_page.cfm?from=fromredirect&userurl=http%3A//www.nwfsc.noaa.gov/protocols.html Molecular Biology Protocols]  : Very nice basic protocol collection, as well as an interactive Forum for technical questions and useful links to on-line journals & other bioinformatics resources - from the Northwest Fisheries Science Center Microbial Pathogenesis Lab. [http://www.protocol-online.org/ Protocol Online]  : Vast directory of protocols on cell biology, molecular biology and immunology [http://web.uct.ac.za/depts/mmi/bbhelp/intro.html BBHelp, a collection of molecular biology techniques]  : arranged in MS- Windows help file format. [http://www.unl.edu/stc-95/ResTools/cmshp.html Molecular Biology Research Tools and Resources]  : Electronic and Internet-accessible tools and resources for molecular biology, biotechnology, molecular evolution, genetics, biochemistry and biomolecular modelling. Includes links to protein and DNA data analysis servers which provide sequence and structural homology searches etc. [http://bubl.ac.uk/link/b/biologyresearch.htm Biology research]  : Biology research [http://biotech.icmb.utexas.edu/pages/scitools.html BioTech Resources]  : 생명공학 여러 분야의 자료를 얻을 수 있다 [http://biotech.icmb.utexas.edu/pages/bioinfo.html Bioinforamtics]  : 생명정보에 관한 자료를 얻을 수 있다

Human Genome Project & Human Molecular Genetics/Disease

[http://genome.kribb.re.kr/ 게놈(Genome) 사업단]  : 국내외 Genome관련 정보와 분석 프로그램의 제공서비스 [http://genetics.snu.ac.kr/ 한국 사이토제너틱 데이터베이스]  : 한국인 염색체이상 및 유전질환 데이터베이스. 염색체 이상, 유전질환(유전병)에 대한 정보 수록. 보건복지부 연구개발사업 [http://www.hgmd.cf.ac.uk/ Human Gene Mutation Database]  : The HGMD in Cardiff is the most comprehensive database of human gene mutation data available [http://www.tigr.org/tigr-scripts/tgi/T_index.cgi?species=human TIGR Human Gene Index]  : The Human Gene Index (HGI) contains human EST sequences sequenced at TIGR as well as human ESTs from GenBank's dbEST database. [http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/research/research.shtml Human Genome Program Research in Progress]  : Explore this site for U.S. Human Genome Project progress, research, and resources [http://www.doegenomes.org/ Human Genome Project General Information]  : A 15-year effort coordinated by the U.S. Department of Energy and the NIH to identify all the estimated 80,000 genes in human chromosomes, determine the sequence of the chemical bases that make up human DNA, store this information in databases, and develop tools for data analysis. [http://www.hgmp.mrc.ac.uk/ Human Genome Mapping Project Resource Centre]  : The HGMP-RC provides resources for research workers in the field of genetics. Sponsored by the MRC, UK. [http://www.genome.ad.jp/ GenomeNet]  : Japanese network of database and computational services for genomic and related research in molecular and cellular biology [http://www.ncgr.org/ National Center for Genome Resources]  : Bioinformatics and computational biology tools to support genetic analysis and discovery. [http://bbrp.llnl.gov/bbrp/genome/genome.html LLNL Human Genome Center]  : General description & current projects at the Lawrence Livermore Nat'l. Laboratory. [http://www.pathology.washington.edu/research/cytopages/chromosome/GDB_select_chromosome_old.html Genome Machine]  : Excellent GUI to determine what genes have been mapped to a particular chromosome location from the Univ. of Washington [http://www.genetrack.bc.ca/ Genetrack Biolabs, Inc.]  : State-of-the-art DNA paternity testing laboratory with world-wide service [http://www.genome.gov/ National Human Genome Research Institute]  : Division of NIH charged with managing the Human Genome Project. [http://www.aic.nrl.navy.mil/galist/ The Genetic Algorithms Archive]  : Archives of the genetic algorithms mailing list: GA-List. [http://telethon.bio.unipd.it/ MuscleNET]  : provides information on neuromuscular disorders, cardiomyopathies and the recent advances of the scientific research on these subjects. Moreover MuscleNET contains a study companion in muscle biology and a set of useful links in this field. [http://www.gdb.org/hugo/ HUGO Chromosome]  : The Human Genome Organization의 새로운 web site.인간의 염색체 중심으로 알려진 정보들을 모아 놓은 곳 [http://genetestlabs.com/ GENETEST Laboratories]  : Providing world-wide human DNA diagnostic human paternity testing [http://130.88.13.169/subject-listing/QH506.html OMNI Subject Listing for Molecular Biology]  : Set of links to selected, evaluated and annotated Internet resources relevant to molecular biology

<strong~~>학술잡지 검색 사이트</~~strong~~font></~~fontstrong>

[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi 문헌검색site]  : 미국 NIH에서 제공하는 site로, 찾고자 하는 논문제목, 저자명, 논문명, 발행년도 등을 입력하면 된다. Nucleotide sequences, amino acid sequences 로도 연결되어 있어 편리하다. [http://bric.postech.ac.kr/journal/ BRIC 저널]  : 생물학을 연구하는 모든 연구자들에게 반드시 필요한 사이트. 국내외 생물학 관련 저널의 목록, 초록, 전문까지 가장 빠른 시간에 얻을 수 있음. [http://bric.postech.ac.kr/publications/ 온라인 저널(국내)]  : 국내에서 발행되는 13 major Korean biological journals [Experimental and Molecular Medicine, Journal of Biochemistry and Molecular Biology, Journal of Microbiology, Journal of Microbiology and Biotechnology, Journal of Plant Biology, Korean Journal of Zoology, Korean Journal of Biological Science, and Molecules and Cells] 이 있는 곳. [http://bric.postech.ac.kr/science/ 사이언스 저널 한국어 안내]  : 전세계적으로 유명한 사이언스 (SCIENCE) 지와 한국의 BRIC이 협약하여 제공하는 사이언스 저널 한국어 안내 사이트. [http://bric.postech.ac.kr/copyservice/index.html 생물학관련 논문 복사서비스]  : 회원제로 운영되는 BRIC 소장 생물학 분야 논문 복사서비스.

온라인 사전

[http://www.portlandpress.com/pp/books/online/glick/default.htm Glossary of Biochemistry and Molecular Biology]  : Glossary containing nearly 3000 biochemistry terms. Includes current terms, those which appear only in earlier literature, common terms invested with new meanings, and laboratory jargon. Searchable for individual terms or browsable alphabetically. [http://www.portlandpress.com/pp/books/online/glick/default.htm Glossary of Biochemistry and Molecular Biology]  : Glossary containing nearly 3000 biochemistry terms. Includes current terms, those which appear only in earlier literature, common terms invested with new meanings, and laboratory jargon. Searchable for individual terms or browsable alphabetically. [http://www.genome.ad.jp/kegg/ KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes]  : KEGG is an effort to computerize current knowledge of molecular and cellular biology in terms of the information pathways that consist of interacting molecules or genes and to provide links from the gene catalogs produced by genome sequencing projects.       [http://biotech.icmb.utexas.edu/search/dict-search.html Life Science Dictionary]  : Life Science Dictionary

기타 생명공학관련 사이트

[http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/  Bioinformatics ; BioComputing Hypertext Coursebook]  : 생정보학[생물학 분야의 많은 정보를 컴퓨터로 분류, 해석, 구조분석 등]에 관한 내용을 소개한 site. [http://bric.postech.ac.kr/species/ 한국의 생물 종 데이터베이스]  : 한국에 서식하는 조류와 식물관련 데이터베이스 [http://bric.postech.ac.kr/community/forum/ BRIC 포럼]  : 생물학자를 위한 정보 공유의 장으로서 각종 동향정보와 연구소식 제공. [http://biozine.kribb.re.kr/ BIOZINE]  : 생명공학연구소 웹진으로 정책, 시장 및 R&D 동향과 속보, 인터뷰 등 수록 [http://bric.postech.ac.kr/webzine/ Bio wave]  : BRIC에서 제공하는 생물학 리뷰전문잡지로 이달의 리뷰, 온라인 세미나, 연구비 지원 소식 수록 [http://www.biobank.co.kr/home.shtml 한암사이언스]  : 생명과학, 식물학, 이화학 등 Biotechnology 분야의 각종 정보를 제공하는 한암 사이언스의 홈페이지. [http://www.kbsi.re.kr/cell/ 세포생물학연구회]  : 국내외 세포연구자들의 상호교류와 공동연구를 촉진하기 위한 모임. 연구회 homepage를 통해 각 회원의 연구분야와 회원이 보유하고 있는 항체, 유전자, 세포주, 분석기술 등을 종합적으로 볼 수 있고 key word를 통해 검색도 가능 [http://www.biosupplynet.com/ BioSupplyNet]  : Directory of products for biomedical research, with company details and product news. Also includes BioToolKit, a directory of 500 Internet research resources for molecular biologists. [http://corba.ebi.ac.uk/Biocatalog/ BioCatalog]  : Software directory related to molecular biology and genetics. Domains include DNA, protein, molecular evolution and databases [http://www.ovid.com/ Life Science]  : Life Science Collection Home /Products & Services /Database Collections /All SilverPlatter Databases Business Collection Education Collection Environment Collection Food and Agriculture Collection General Reference Collection Health and Safety [http://www.npac.syr.edu/projects/vishuman/VisibleHuman.html 인체 해부도 The NPAC Visible Human Viewer]  : 각 부위별 인체해부도를 볼 수 있으며, 각 부위별 설명도 곁들여 있다 [http://www.meddean.luc.edu/lumen/MedEd/GrossAnatomy/cross_section/index.html Visible Human cross sections]  : Cross-sectional images and the corresponding CT and MRI can be viewed by clicking on the appropriate box to the right of the image. Both unlabeled and labeled images are provided. The movie of the images in any plane of section allows rapid visualization of the relationships of structures. [http://www.accessexcellence.org/RC/VL/GG/ 그래픽으로 보는 전공 Graphics Gallery]  : The Graphics Gallery is a series of labeled diagrams with explanations representing the important processes of biotechnology. Each diagram is followed by a summary of information, providing a context for the process illustrated.

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