<p>Pairwise Alignment는 정렬대상이 2개의 Amino acid - Amino acid 이거나 Protein &nbsp;DNA - Protein &nbsp;DNA 일때 주로 [[homology]]([[상동성]])을 나타내기&nbsp;<br />위해 사용되는 방법이다. 상동성 검색을 위하여 가장 기초적인 방법이기도 하며, 보다 복잡한 문제 해결을 위한 [[algorithm]]들은 대부분&nbsp;<br />Pairwise Alignment algorithm과 연관되는 것들이다.<br /></p>

<p><font face="Courier New"><strong>&gt;seq 1</strong></font><font face="Courier New"><br />MAVDPPKADPKGSSGGFHRKSADDPKNGGPALGSREDQSAKAGCCDPPK<br /></font><font face="Courier New"><strong>&gt;seq 2</strong></font><font face="Courier New"><br />DPPKADPKGGGFHRNARKKDNGGPALGSREDQSAKAGG<br /></font><font face="굴림"><br /></font></p><p><font face="Courier New"><strong><br /><font color="#99cc00" size="3">Alignment result<br /></font><br />seq 1</strong></font><font face="Courier New"> &nbsp;&nbsp;MAVDPPKADPKGSSGGFHRKSADDPKNGGPALGSREDQSAKAG-CCDPPK<br />&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;||||||||| &nbsp;|||||.: &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;|||||||||||||||||&nbsp;<br /></font><font face="Courier New"><strong>seq 2</strong></font><font face="Courier New"> &nbsp;&nbsp;---DPPKADPKG--GGFHRNARKK-DNGGPALGSREDQSAKAGG------<br /><br /></font></p>