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<p><font color="#800080" size="4"><strong>Pairwise Alignment</strong></font></p>
<p>Pairwise Alignment는 정렬대상이 2개의 Amino acid - Amino acid 이거나 Protein - Protein 일때 주로 [[homology]]([[상동성]])을 나타내기 <br />위해 사용되는 방법이다. 상동성 검색을 위하여 가장 기초적인 방법이기도 하며, 보다 복잡한 문제 해결을 위한 [[algorithm]]들은 대부분 <br />Pairwise Alignment algorithm과 연관되는 것들이다.<br /></p>
<h4><font face="굴림" color="#99cc00">Pairwise Alignment ([[FASTA]] format)</font></h4><p><font face="Courier New"><strong>>seq1seq 1</strong></font><font face="Courier New"><br />MAVDPPKADPKGSSGGFHRKSADDPKNGGPALGSREDQSAKAGCCDPPKADPKGGSRDRVRRCIRANLLVASLLTVMAVDPPKADPKGSSGGFHRKSADDPKNGGPALGSREDQSAKAGCCDPPK<br /></font><font face="Courier New"><strong>>seq2seq 2</strong></font><font face="Courier New"><br />DPPKADPKGGGFHRNARKKDNGGPALGSREDQSAKAGGCCQWERTASGSRDRVRRCIRANLLVLLTVAAVVDPPKADPKGGGFHRNARKKDNGGPALGSREDQSAKAGG<br /font></p><h4font><font face="굴림"><br />(b) 정렬된 2개의 단백질서열</font></h4p><p><font face="Courier New"><strong>seq1<br /><font color="#99cc00" size="3">Alignment result<br /></font><br />seq 1</strong></font><font face="Courier New"> MAVDPPKADPKGSSGGFHRKSADDPKNGGPALGSREDQSAKAG-CCDPPK<br /> ||||||||| |||||.: ||||||||||||||||| ||. :<br /></font><font face="Courier New"><strong>seq2seq 2</strong></font><font face="Courier New"> ---DPPKADPKG--GGFHRNARKK-DNGGPALGSREDQSAKAGGCCQWER<br /><br /></font><font face="Courier New"><strong>seq1</strong></font><font face="Courier New"> ADPKGGSRDRVRRCIRANLLVASLLTVDNGGPALGSREDQSAKAGG------<br /> . |||||||||||||||| |||| <br /></font><font face="Courier New"><strong>seq2</strong></font><font face="Courier New"> TAS--GSRDRVRRCIRANLLV--LLTVAAVV</font></p>
