PREDATOR이차구조를 예측하는 PREDATOR의 알고리즘은 아미노산 서열에서 수소결합이 있는 잔기를인식하여 이것을 이용해 분석하는 것이다. 이것은 여러 형태의 국소적 수소결합 구조가있는잔기 형태의 출현빈도에 따른 DB로부터 얻어진 통계자료를 이용한다.특징으로는 각각의 관련 서열 간에 예측될 서열의 부분적인 쌍별 정렬을 중요시 한다.