이차구조이차구조는 주로 알파나선과 베타병풍이 연결된 형태로 어느 정도는 일차구조에 의해 결정된다. 이차구조는 보통 간단한 모티브로 배열되어 있으며, 모티브들은 서로 가깝게 이웃하는 알파나선이나 베타병풍으로부터 곁사슬들이 채워지면서 형성된다.