MMDB 파일포맷은 ASN.1 데이터 기술언어로 만들어진다. ASN.1 파일은 사람이 읽을 수 있는 문자파일로도
변환되고, 또 어떤 하드웨어 플랫폼에서도 해독할 수 있는 2진 파일(binary file)이나 팩 2진 파일(packed binary file)의
형태로 변환되기도 한다. MMDB의 표준 잔기 사전은 통상적인 생체 고분자 잔기의 화학그래프에 대한 정보를
찾는 데 도움이 된다. MMDB 포맷 사양(specification)은 NCBI 배포용 도구모음 안에 있으나 잠시 살펴보는 것은
웹 상에서 브라우저를 통해 가능하다. MMDB ASN.1 사양은 mmCIF 사전보다 훨씬 간단하고 유도된 데이터를
취급하지 않았기 때문에 수록된 데이터도 훨씬 적다.
MMDB파일은 mmCIF나 PDB기록에 비해 훨씬 빠른 입출력이 가능하다. 또한 MMDB의 내포 계층구조는
파일 불러오기에서 검증단계를 줄일 수 있는 특성을 가지므로 관계형 데이터베이스인 mmCIF 포맷이나 PDB 파일
포맷에 비해 빠르고, ASN.1 파일은 3차원 구조를 보는데 적합하다.