Cn3D('See in 3-D')는 3차원 구조보기용 소프트웨어로 MMDB 데이터 기록을 보는 데 사용한다.
PDB 데이터에서 화학그래프상의 모호함을 제거하여 MMDB 데이터 기록을 만들었고, 모든
결합에 관한 정보가 명확하기 때문에 Cn3D는 PDB 파일을 읽어들이는 프로그램이 필수적으로
구비할 분석, 검증 및 예외 처리기능을 갖추지 않아도 3차원 데이터베이스의 구조를 일관되게
그려낼 수 있다. Cn3D는 데이터를 잘못 해석할 염려가 없으므로 구조의 디폴트 이미지를 좀더
정확하게 그려낸다. 그러나 Cn3D는 MMDB의 ASN.1 기록 내에 존재하는 완벽한 화학그래프
정보에 의존하는 것이기에 PDB 파일을 읽지는 않는다.