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Latest revision as of 15:26, 27 August 2008
PDB (Protein Data Bank)
PDB는 실험으로 밝혀진 단백질의 구조와 기능등 단백질 정보를 모아놓은 곳으로 미국의 Brookhaven National Laboratory에서
운영하고 있다. 단백질 ID, 기능, 발견자, 구조등의 다양한 단백질의 정보를 저장하고 있다.
# PDB 사용목적
1. 관심 단백질의 구조 파악
2. 하나 또는 그 이상의 구조에 대한 분석 수행
3. 부가적인 정보제공
4. 3D 구조와 좌표를 통해 쉽게 알수 있도록 함
# PDB Database 포맷
- PDB format : 커뮤니티에서 널리 사용되는 형식으로, 구조 정보를 분석하는 프로그램의 defort 값으로 되어있다.
- mmCIF format : CIF format을 통해 충분한 데이터 이름을 주어서 단백질 구조를 논문에 사용하며,
전산상의 문서를 통합하고, 일반성, 호환성및 유연성을 이루고 있다.
http://www.rcsb.org/
|
PDB 2008 Stat
|
Proteins
|
Nucleic Acids
|
Protein/NA complexes
|
Other
|
Total
|
|
X-ray diffraction
|
41792
|
1067
|
1920
|
24
|
44803
|
|
NMR
|
6481
|
814
|
138
|
7
|
7440
|
|
Electron microscopy
|
132
|
11
|
49
|
0
|
192
|
|
Other
|
90
|
4
|
4
|
2
|
100
|
|
Total
|
48495
|
1896
|
2111
|
33
|
52535
|
