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<p>&nbsp;단백질의 1차 구조는 공유 결합인 펩티드 결합으로 이루어지고, 이러한 펩티드 결합은 단백질이 [[리보솜]]에 의해 합성될 당시에 형성된다. 단백질의 2차, 3차, 4차 구조는 단백질을 이루는 아미노산과&nbsp;[[아미드]] 구조들 간의 결합에 의해서 유지된다. 이 결합은&nbsp;[[수소 결합]],&nbsp;[[소수성 결합]],&nbsp;[[이온 결합]]과 같은&nbsp;[[비공유 결합]]과,&nbsp;[[디설피드]]결합과 같은&nbsp;[[공유 결합]]으로 나누어진다.</p>

<p>&nbsp;아미노산 서열이 복잡한 3차 구조를 이루는 과정을 [[단백질 폴딩]]이라고 한다. 보통은 각자 단백질의 고유한 3차 구조는 그 아미노산 서열이 가질 수 있는 가장 에너지가 낮은 상태이다. 또한 에너지가 낮은 상태가 생물학적 기능을 수행하는 활성 상태이다. 하지만 단백질은 이 보다 높은 에너지 상태에도 존재할 수 가 있다. 단지 그 에너지가 높기에, 자연적인 상태에서 높은 에너지 상태에 존재하는 단백질의 양은 극히 소수에 불과하다. 가장 안정한 상태에서 단백질의 구조가 완전히 풀리는 상태에 도달하는데 필요한 에너지가 단백질의 [[열역학]]적인 [[안정성]]을 결정한다.</p>