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사용하는 DNA가 단일가닥일 때에는 상관이 없지만, 이중가닥일 경우 primer(시발체)가 바로 결합할 수 없기 때문에 변성과정을 거친후 진행을 해야한다. 이중가닥을 분리하는 방법중 주로 쓰이는 것은 NaOH, EDTA를 가한 후, ethanol로 침전시키면 된다. 그후 시발체를 정확하게 상보적인 염기를 갖는 위치로 찾아가서 붙게 된다. 이때 온도가 맞지 않거나 너무 짧으면면 시발체가 엉뚱한 곳에 붙을 수 있으므로 주의해야 한다. 시발체로부터 시작되어 DNA확장이 진행이 되면서 방사성동위원소로 표지된([α-35S] dATP)이 끼어 들어가는 과정이 시작된다. dNTP와 효소(enzyme) 등을 넣고 상온(25℃)에서 2∼5분간 반응시킨다. 참고로 이때 시간이 너무 길어지거나 온도가 너무 높아지게 되면 시발체에서 가까운 곳의 염기 서열을 읽는데 지장이 있게 된다. 또한 여러 가지 용액을 섞어줄 때에는 특별한 경우를 제외하고, 중요하지 않은 것부터 넣는 것이 일반적인 순서이며 효소는 항상 맨 마지막에 넣는다. 마지막으로 dNTP의 농도가 높고 온도(37℃)도 적당하기 때문에 확장 (extension)이 활발하게 일어난다.<br />
확장 도중에 dNTP 대신 ddNTP가 끼어 들어가면 반응이 더 이상 진행되지 못한다. 즉, 반응이 종결되며 전기영동을 하여 표지된 순서를 아래서부터 위로 차례대로 읽으면 그것이 원하는 염기순서가 되는 것이다. <br /><br />[[게놈해독]]<br /><br />
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