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<font face="바탕" size="2">Pfam은 [[ProDom]]에서 진화한 것으로 개념적으로 [[PROSITE]] profile들과 연관된 [[HMM]]들의 집합이다.&nbsp;<br />Pfam 모델들은&nbsp;유사 단백질의 multiple alignment로 부터&nbsp;추출된 HMM profile이다.<br />HMMER package로 만들어 지며,&nbsp;HMM의 hmmpfam 명령을 통해,&nbsp;단백질 서열에서&nbsp;Pfam profile의 존재유무를 검사할 수 있다.<br /><br />Pfam은 두가지 형태의 profile file을 제공하는데, Pfam_ls는 완전한 도메인의 구조를 찾을 때 쓰이며, Pfam_fs는 부분적인 (불완전한) 도메인 조각을 찾을 때 쓰인다.<br /><br />현재의 버전은 Pfam20으로 8296개의 모델들을 포함하고 있다.<br /><br />PROSITE와는 대조적으로 Pfam entry들은 semi-automatic하게 생성되어 비교적 쉽게 update 된다.<br />Pfam의 초기버젼에서는 비교적 낮은 정밀도를 보여주었지만,&nbsp;밝혀진 서열의 종류가 늘어남에 따라 정확도가 높아지고 있으며,있다.<br /><br />풍부한 정보를 제공하는 PfamA는 약 74%의 sequence coverage를 나타내며<br />완전히 자동적으로 생성되는 PfamB는 11%의 sequence coverage를 갖는다.<br />PfmaB로부터는 정보를 얻기가 힘들기는 하지만, 새로운 서열이 추가되면 PfamA로 전환될 것들이다.<br /><br />따라서 궁극적으로 85%이상의 단백질에 Pfam domain을 부여할 수 있다.<br /></font>