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<font face="바탕" size="2">Pfam은 [[ProDom]]에서 진화한 것으로 개념적으로 [[PROSITE]] profile들과 연관된 [[HMM]]들의 집합이다.&nbsp;<br />Pfam 모델들은 전형적으로 완전한 단백질 도메인들에 걸쳐 있으며 HMMER package나 Web-based server로 검색될 수 있다.&nbsp;유사 단백질의 multiple alignment로 부터&nbsp;추출된 HMM profile이다.<br />현재의 버전은 Pfam20으로 8296개의 모델들을 포함하고 있다.HMMER package로 만들어 지며,&nbsp;<br />PROSITE profile과 유사하게 Pfam 모델들은 분명한 [[homolog]]들로부터 출발하여 점차적으로 먼 집단들의 구성원들을 포함시키면서 반복적으로 정련된다. HMM의 hmmpfam 명령을 통해,&nbsp;r들의 information-rich descriptor들 때문에 두가지 집합들은 다른 방법으로는 드물게 발견되는 단백질 모티브의 매우 먼 예도 검출한다.서열에서&nbsp;Pfam profile의 존재유무를 검사할 수 있다.<br /><br />Pfam은 두가지 형태의 profile file을 제공하는데, Pfam_ls는 완전한 도메인의 구조를 찾을 때 쓰이며, Pfam_fs는 부분적인 (불완전한) 도메인 조각을 찾을 때 쓰인다.<br /><br />현재의 버전은 Pfam20으로 8296개의 모델들을 포함하고 있다.<br /><br />PROSITE와는 대조적으로 Pfam entry들은 semi-automatic하게 생성되고, 이것은 생성되어 비교적 낮은 정밀도를 보여주지만 개정과정은 보다 쉽다쉽게 update 된다.&nbsp;<br />Pfam documentation은 최소한이지만 자주 상응하는 PROSITE entry에 대한 연결이 포함되어 있다.Pfam의 초기버젼에서는 비교적 낮은 정밀도를 보여주었지만,&nbsp;<br />Pfam 모델들과 PROSITE profile들은 상호전환이 이루어질 수 있고밝혀진 서열의 종류가 늘어남에 따라 정확도가 높아지고 있으며, 조합 검색이 가능하다.&nbsp;<br />[[SMART]] 데이터베이스는 신호전달에 포함된 단백질 도메인들에 초점을 맞춘 181개의 HMM들의 독립적인 집합이다풍부한 정보를 제공하는 PfamA는 약 74%의 sequence coverage를 갖는다. </font>