PHYLIP

PHYLIP (Phylogeny Inference Package)

다중서열 을 분석한이후 분자단위의 계통학적 분석을 위해서는 PHYLIP이 많이 사용되고 있다.
PHYLIP은 현재 30여개 프로그램으로 이루어진 패키지로서 계통발생 분석의 거의 모든 부분을
다루고 있다. 
PHYLIP은 명령행 프로그램이므로 PAUP처럼 마우스로 하는것이 아니라 명령행을 통해 
프로그램을 움직이게 된다. 

- PPRTDIST는 단백질서열 정렬에 대한 거리행렬을 계산해 주는 프로그램이다.
- NEIGHBOR은 PROTDIST와 같은 거리행렬 자료를 사용하여 근접군-연결 방법으로 분지도를 
  생성하는 프로그램이다.
- FITCH는 NEIGHBOR과 비슷하지만 훨씬 강한 분지도 생성 프로그램이다.
- PROTPARS는 단백질 서열에 대해 거리행렬을 이용하지 않고 분지도를 생성하는 프로그램이다.
- DNADIST는 염기서열에서 거리행렬을 계산한다.