CATH

CATH

   CATH는 Protein Structure Classification으로 SCOP과 유사하게 PDB에 수록된 3D 구조를 분류한 domain database이다. domain은 Detective, 
Puu, Domak과 같은 domain 인식 algorithm으로 정의 되어진다. CATH의 이름은 Class, Architecture, Topology, Homologous superfamily에서 
유래되었다. Class는 a-구조,b-구조, ab-구조(위의 a/b와 a+b-구조)와 2차 구조의 조성이 낮은 Few Secondary Structures로 정의 하고 있다. 
   Atchitecture는 2D 구조의 공간상에서 배열을 연결한 상태를 배제하고 정의한 것으로 ribbon, sheet, sandwich, roll등이 있다. Topology에는 
전체 구조가 2D 구조간의 연결 양상을 고려한 분류로 되어있는 Rossmann fold가 있다. Homologous superfamily는 서열 정렬과 구조의 비교를 
동시에 비교하여 판단한다. 
   서열의 상동성이 높으나 구조의 상동성이 낮거나 그 반대일때 단백질은 같은 조상으로부터 진화 했을 것이라고 판한하고 있다. 

#site
http://www.cathdb.info/latest/index.html
http://www.cathdb.info/images/cath_logo_left.gif