AB initioab initio 방법은 안핀센의 열역학 가설에 근거를 둔 것으로 정확한 포텐셜 에너지 함수와 이 함수의 형태 공간을 효과적으로 탐색할 수 있는 대역적 최적화 방법을 필요로 한다. 이 두 가지 문제는 각각이 매우 어려운 문제일 뿐만 아니라 이 두 문제가 동시에 풀려야 하지만 단백질 접힘의 근본적인 이해와 이에 따른 단백질의 3차원 구조 및 기능 예측이 가능해지므로 그에따른 어려움이 있다.
