SAGE
Serial Analysis of Gene Expression (SAGE)
유전자 발현의 순차적 분석은 흥미로운 조직의 수많은 전사인자의 측정에 의한 유전자 발현의 양적인 측정법에 따른다. DNA의 9-11bp 짧은 tag는 전사인자, 서열, 그리고 지정된 유전자의 3’말단이 분리 되어진다.
SAGE tag 생산의 진행은 Figure 6.9에 개요가 있다(Velculescu et.al., 1995). RNA는 삽입된것과 전환된 cDNA와 바이오틴이 연결된 올리고(dT) 프라이머로부터 분리되어진다. 제한 효소(“주요지점 효소”)는 전사인자의 전체 개체를 제한하기 위해 사용되고 단지 짧은 단편이 분리되며, 바이오틴과 아비딘에 의해서 각 전사의 한계인 스트렙타비딘 알갱이의 3’말단 부분 통합이다. 연결된 두 개체는 더해지고, 서열화된다. 이 진행의 결과 생물학적 소스의 수천개의 tag가 묘사되어진다.
SAGE 라이브러리의 다양성은 구조를 가진다. 라이브러리의 각 tag는 단일 유전자와 일치한다. 9bp tag는 49 또는 262,144 전사인자들이 구별되어지고, tag site에서 랜덤 뉴클레오티드 분포를 가정한다. 실 예로, tag는 UniGene을 사용하여 맵핑되어진 유전자이다. 몇몇 경우, tag는 하나의 유전자 이상으로 주어질것이다. 다른 경우, 유전자는 하나의 tag보다 더욱 많은 것을 가질 것이다. SAGE의 한가지 가설은 생물학적 샘플에서 수많은 mRNA 분자에 직접 비례하는 수많은 tag를 SAGE 라이브러리에서 찾는 것이다.
SAGE는 효모 전사체가 소유하는 것을 묘사하는데 사용되어졌다(Velculescu et al., 1997). 4665 유전자의 발현은 특징되어졌고, 중요한 기능은 특징화 되지 못했다. 일관된 UniGene 묶음의 분석(Table 6.1), 그 데이터는 많은 전사인자가 단지 연관되어 발현되어지는 것을 보여준다. Zhang et al.(1997) 보통과 종양인 위장내 조직의 유전자 발현 윤곽에 SAGE를 사용했다. 그들은 14,000 ~ 20,000 사이의 각 세포 타입에서 발현된 것과, 세포당 5300 복제 세포들에서 발현된 레벨의 범위에서 수많은 명료한 전사인자를 추측했다. 풍부한 각 유전자는 전체 tag 획득물에 의한 전사인자가 많이 관찰되어진 tag를 나누어 진 것에 의해 설립 되어졌다.
SAGE 라이브러리는 NCBI 웹사이트에서 전기적인 질문을 할 수 있고, SAGE 라이브러리는 발생 되어진 어떤 조직에서 유전자 발현의 비교에 따른다(Lash et al., 2000; Lal et al., 1999). 웹사이트는 맵핑된 유전자 tag의 SAGE 라이브러리와 주석 데이터 tag 데이터를 포함한다(Fig. 6.10). SAGE 라이브러리는 방법이 유사한 디지털 특이형태 디스플레이를 사용한다(Fig 6.11). 유전자는 허파에 들어있는 계면활성제와 허파에 있고 뇌에는 없는 수백의 tag들과 Pronapsim A 와 secretoglobin의 tag 특이적으로 주어지는 것과 일치한다(Fig 6.12). 여러 종류의 뇌-풍부하게 하는 전사인자들은 또한 동일시되어진다(Fig 6.12). 계면활성제의 예에서 부분적 tag(TGCCAGGTCT) 의 맵핑은 표면 유전자(UniGene HS.177852)는 명백하게 나타내고, 50tag에 일치하는 계면활성제는 허파 라이브러리에 선택적으로 동일시 되는 것을 보여준다(Fig 6.13).
“서열을 만회하다”옵션은 노던블롯 협정의 전기적인 버전을 이루고, 개인적인 유전자에서 발현되는 분포는 교차하는 다양한 조직들로 평가되어진다. 들어가는 접근 번호에 상응하는 RBP의 DNA 서열과 상응하는 SAGE tag는 (see allow 1)에 보여진다. 링크를 누르면 이 tag는 “SAGE tag에 의해 만회하는”사이트를 보여준다. 라이브러리들의 tag는 개인적으로 리스트를 가지고, 마찬가지로 빈번히 발생한다(Fig 6.15a). 여기, RBP4는 평범한 간 라이브러리에서 대부분 풍부하게 발견된다. 이 페이지 에서는 또한 유전자가 포함하는 이 tag(Fig 6.15b)의 요약을 제공한다. 이 예에서, tag 맵은 4개의 다른 UniGene 모음이고, 그러나 단지 RBP4 모음은 NCBI 사용의 표준과 같은 일치하는 유전의 DNA데이터와 같이 “믿을 수 있는” 결정 되어진 리스트이다.
이 경우 다른 웹-기반의 자원은 SAGE 라이브러리의 전기적인 비교에 따라서 되고, USAGE와 Human Transcriptome Map과 같아진다(Caron et al., 2001).
