single nucleotide polymorphism한개의 염기서열의 차이를 이용하는 것을 말한다. 1번 개체 ACCATG2번 개체 ACTATG 두 개체간의 염기서열의 차이를 이용하게 된다.예를 들어 특정 질병에 잘 걸리는 집단과 잘 걸리지 않은 집단간의 유전자 차이를 비교할 떄 유용하게 쓰이게 된다.