Shot Gun

이 방법은 H. influenza 분석에 처음 사용이 되었다.

초음파로 전체의 유전체를 절단을 한다. 크기는 1.6kb에서 2.0kb정도로 잘라낸다.

(이것보다 더 크게 잘라주어도 다른곳에서 읽을 수 있고 크게 잘라주어도 어짜피 gap이 생기기 때문에 더 크게 잘라주지 않아도 된다.
그리고 근처에 primer을 제작해서 다시 읽어주면 되기 때문에 상관이 없다.) 

한번에 잘린 유전자를 contig라고 부르며 초음파로 잘려서 만들어진 contig끼리 서로 연결하는 방법은 

contig의 맨 끝부분에 있는 DNA의 염기순서에 맞추어서 probe를 제작한다. 

만약 같은 위치에 있는 것이라면 

표지가 된 같은 probe를 접합을 시키면 비슷한 위치에 있는 contig가 반응을 할 것이다. 

그러나 이 방법은 gab이 너무 많이 생기고

서로 다른 유전자의 반복되는 DNA를 컴퓨터가 읽을때 하나의 부위로 인식하여 gab 을 인지하지 않을수 있다.