PhyloBLAST는 CGI/Perl script에 기초하고 있으며 BLAST2를 사용하여 단백질 서열을 SWISS-PROT/TREMBL 과 비교하고, BLAST 결과에서 선택된 서열들에 대하여 사용자 정의된 계통발생 분석을 할 수 있게 해준다.
