BLAST2
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BLAST2
BLAST2는 크게 gapped BLAST와 PSI-BLAST로 구분되며 BLAST에서 문제가 되어왔던 gap처리가 되지 않던것을 gapped BLAST에서는
gap을 처리할수 있게하고, 동시에 같은 정도의 sensivity를 유지하면서 실행속도는 3배 정도 향상시켰다.
#변경된 알고리즘
= BLAST에서 발견되는 W-mer를 seed로 사용하여 gapped BLAST에서 diagonal의 일정 distance이내에 sigle hit들이 겹치지 않으면서 존재할때,
이것을 extension을 시작할 candidate list에 넣어둔다
= 특정 Sg값 이상의 HSP에 대하여 gapped txtension을 실행한다.
