PFAM

Pfam은 ProDom에서 진화한 것으로 개념적으로 PROSITE profile들과 연관된 HMM들의 집합이다. 
Pfam 모델들은 전형적으로 완전한 단백질 도메인들에 걸쳐 있으며 HMMER package나 Web-based server로 검색될 수 있다. 
현재의 버전은 Pfam20으로 8296개의 모델들을 포함하고 있다. 
PROSITE profile과 유사하게 Pfam 모델들은 분명한 homolog들로부터 출발하여 점차적으로 먼 집단들의 구성원들을 포함시키면서 반복적으로 정련된다.  r들의 information-rich descriptor들 때문에 두가지 집합들은 다른 방법으로는 드물게 발견되는 단백질 모티브의 매우 먼 예도 검출한다. 

PROSITE와는 대조적으로 Pfam entry들은 semi-automatic하게 생성되고, 이것은 비교적 낮은 정밀도를 보여주지만 개정과정은 보다 쉽다. 
Pfam documentation은 최소한이지만 자주 상응하는 PROSITE entry에 대한 연결이 포함되어 있다. 
Pfam 모델들과 PROSITE profile들은 상호전환이 이루어질 수 있고, 조합 검색이 가능하다. 
SMART 데이터베이스는 신호전달에 포함된 단백질 도메인들에 초점을 맞춘 181개의 HMM들의 독립적인 집합이다.