PCR Primer
PCR(Polymerase Chain Reaction)은 실험관 내에서 DNA를 증폭시키는 방법이다. DNA가 증폭이 되기 위해서는
고온에서 2중가닥이 풀려 단일가닥으로 되면 여기에 primer가 붙어 taq polymerase에 의해서 전사가 개시된다.
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Primer 작성시 주의사항
▷ 50 ~60 % G + C ratio
▷ 18 ~ 28 nucleotide 길이
▷ 55~ 80 ℃ Tm 값 ( 2℃ for A or T, 4℃ for G or C )
▷ primer 쌍은 비슷한 Tm 값을 가지고 3' 말단에서 서로간에 상보성을 가지지 않도록 한다
▷ primer 말단에 G 또는 C가 3개 이상 연이어 있지 않도록 한다. DNA 복제가 시작되는 3' 말단에 GC가 높으면 앞의 서열에서 상보성이 없더라도 DNA 복제가 일어날 수 있기 때문이다.
▷ primer들은 palindromic 구조를 가지지 않도록 한다. Primer 간의 결합이 일어날 수 있기 때문이다
▷ 프라이머 쌍을 고안하는데 있어서 사용하고 계신 마땅한 툴이 없으시다면, primer3 라는 프로그램을 사용하시면 됩니다. (primer3 사용법)
