Local Alignment

두 서열의 어떤 부분 서열이 높은 상동성을 가지는가를 나타내기
위해 정렬하는 경우 그러한 상동성을 국부상동성(local homology)
이라 하고 그 정렬을 국부정렬(local alignment)이라고 한다
기능적으로 일부분만이 관련되어 있으며 진화적으로도 일부분만이
상동성을 보이는 경우에는, local alignment를 실행하는 것이 효과적일
것이다. 또한 유사한 기능의 sequence이나 global homology가 낮아서
쉽게 상동성을 나타내지 못하지만 일부분에서 높은 local homology
있는 경우도 local alignment를 실행하는 것이 효과적이다
따라서 많은 경우 local alignment가 상동성 sequence 를 검색하기 위한
용도로 사용된다