50~65도씨에서 진행되며, 염기간에 G와&nbsp;C는 세 군데에서 수소결합이 일어나고, A와&nbsp;T는 두 군데에서 결합이 일어나므로 G+C 비율에 따라 결합온도에 변화를 주어야 한다. 일반적으로 사용되는 annealing 온도는 다음 표와 같다.&nbsp;비특이 PCR 산물이 형성되는 경우 결합 온도를 올려서 반응시켜 보면&nbsp;비특이 산물을 줄이는데 도움이 되는 수가 있다.<br />

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