ProDomProDom 데이터베이스는 완전한 단백질 도메인들에 대한 최초의 포괄적인 집합으로, SwissProt으로부터 완전히 자동적인 방법으로 구성되어있다. 그 결과 도메인들은 cluster number들로만 표시되어있고, 어떤 생물학적인 기능또한 설명되어있지 않다. 그리고 자동으로 결정된 도메인 영역들의 신뢰도 또한 떨어지는 단점이 있다.