Clustal W

Clustal W

Clustal W는 1988년 발표된후 여러차례 개선되어온 Clustal series multi alignment 프로그램의 하나이다. 이 알고리즘도 일반적인 
multiple  alignment 알고리즘과 같은 구조로 되어있으며, pairwise alignment를 위해 FAST/SLOW 두가지 알고리즘을 선택할수 있다. 
즉, FASTA방법과 dynamic programming을 선택적으로 할수 있으며 GOP(Gap Open Penalty), GEP(Gap Extention Penalty)를 설정할수 있다.
Clustring은 Neighbor-Joining 방식에 의해 이루어지며, 그 결과는 guide tree로 저장되고, 마지막 단계의 alignment에서 사용된다. 
Sensitivity를 높이기 위해, alignment 단계에서 sequence weighting방법을 사용하여 각 seq에 대한 각각의 가중치를 사용하게 된다. 
또한 alignment작업중에 dynamic하게 gap penalty를 각 자리별로 설정한다. gap발생 빈도가 높은 곳은 낮은 penalty를 gap발생이 
적은 곳에서는 높은 penalty를 주는것이다.