Clone contig

하나의 clone을 contig를 만들어서 염기순서를 알아내는 방법으로 더 많은 시간과 더 많은 돈이 들어가게 된다. 
그러나 매우 정확하다.

1. Chromosome working

한개의 clone의 끝부분을 probe로 만들어 다른 clone과 접합을 시켰을 때 혼성화 반응이 되는 것이 바로 옆에 있는 clone이 된다.

이런식으로 유전자 지도에서 하나씩 혼성화 반응을 일으켜서 순서를 찾아내면 된다.

2. gene fingerprinting

각각의 clone은 유전자지문을 가진다. 

유전자 지문이란 제한효소를 자른 후의 유전자 형태를 말한다.

여러개의 유전자를 제한효소로 절단 한 후에 gel을 걸어 보았을 때 

서로다른 유전자끼리 지문이 일치하는 부분을 보이면 그 유전자들은 서로 비슷한 위치에 있음을 알 수 있다.

3. Repetitive DNA PCR

유전자 사이사이에 연속되는 염기순서가 존재하는데 이것은 개체마다 반복되는 양이 다 다르다.

양이 다르기 때문에 유전자 사이의 거리도 개체마다 다 다르다.

따라서 이 유전자사이의 반복되는 염기서열을 probe로 사용하여 clone을 접합시킨후 

전기영동을 시킨다. 

비슷한 위치에 있는 유전자라면 반복되는 염기서열을 공유하고 있을 것이므로 

같은 위치에 band가 나올 것이다. 

따라서 유전자끼리의 순서를 알아낼 수 있다.

그러나 clone중에 반복되는 염기서열이 없을 수도 있는 것이 있으므로 사용에 유의해야한다. 

4. STR

유전체상에 오로지 한번 존재하는 염기순서이다. 

따라서 비슷한 위치에 있는 clone이라면 이 STR과 접합을 시킬 수 있다.