원하는 유전자를 절단을 할때에 쓰는 효소를 제한효소라 부른다. 이 제한효소의 종류에 따라서 자를수 있는 위치가 모두 다른고 자르는 모양이 다 다르다. 따라서 발현을 원하는 유전자와 운반체를 잘 결합시키기 위해서는 같은 제한효소로 절단을 해야한다.