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<strong>FPV</strong>: Fast Protein Visualization Using Java 3D (<a href="http://user.ceng.metu.edu.tr/~tcan/fpv/">http://user.ceng.metu.edu.tr/~tcan/fpv/</a>)
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<div>자바 3D 라이브러리 기반 단백질 구조 시각화 툴. Java 3D scene graph 기술을 잘 구성하여 속도를 기존 툴 보다 속도를 향상시켰다. (2003년) * <br /><br /><strong>JMol</strong>: 자바기반의 공짜 프로그램. 자바 애플릿이나 단독 프로그램으로 되어있다. <a href="http://jmol.sourceforge.net/"><font color="#810081">http://jmol.sourceforge.net/</font></a> <br />
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<strong>Protein Explorer</strong> (<a href="http://www.umass.edu/microbio/rasmol/index.html">http://www.umass.edu/microbio/rasmol/index.html</a>) 분자구조 및 기능과의 관계를 보여주는 툴. 무료 프로그램이며, 윈도우 및 매킨토시, 리눅스에서 구동 가능하다. 구동 속도가 빠르고, 단백질 또는 DNA 분자구조를 3차원 구조로 회전하며 보여준다. <br />