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① 기본적인 실험의 흐름</strong><br />
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단백질을 [[단백질]]을 취급하는 실험실은 실로 생물학에서 매우 다양하다. 그러나 그 중에 가장 많은 경우는, 특정한 [[단백질의 구조]], 기능, 생리적 역할 등의 해명을 목적으로 한 연구일 것이다연구다. <br /> 예를 들면 A세포의 배양액 중에 B세포에 대한 중의 어떤 화학 물질이 B세포의 세포 증식활성이 증식활성을 보인다고 하자. 이 증식인자의 구조와 생리적 역할을 명확하게 하기 위해서는 먼저 그 배양액에 존재하는 증식 인자에 대하여 인자를 추출하여 정제하고, 이러한 생리 활성을 가지는 [[단백질 분자를 분자]]를 동정할 필요가 있다. 만일 단백질이 다량으로 정제된 경우에는 정제된 단백질을 이용해서 보다 상세하게 생리활성을 해석 (예를 들면, 여러 가지의 세포에 대한 증식 활성과 세포 유도 활성 등의 해석), X선의 경정에 대한 [[X선 결정 해석]]에 의한 구조해석과 NMR 등에 의한 입체구조 모델링 해석, 항체 제작 등을 행할 수 있다. 항체를 얻을 수 있으면 면역 조직화학에 의한 조직분포의 분석, 효소 항체법에 의한 조직 추출액과 체액 중의 단백질의 정량, 항체 column을 이용한 단백질의 쾌속 정제, 발현 벡터를 이용한 cDNA library의 항체에 의한 screening 등이 가능하게 된다. 그러나 일반적으로는 이러한 단계에서는 다량의 단백질을 얻기가 곤란하고 이러한 상세한 해석은 불가능하다. 특히, 입체구조의 해석을 위해서는 수십 mg의 정제 단백질이 필요하게 된다. <br />
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현대적인 단백질 연구법에는 정제 단백질을 이용한 성질의 해석보다도 cDNA cloning이 우선 순위가 된다. 수 ㎍~수십㎍의 정제 단백질을 이용한 부분적으로 일차구조 (아미노산 배열)를 결정하여, 데이터베이스의 검색에 의해 이 단백질이 미지의 단백질인지 아닌지를 알 수가 있다. 미지의 단백질이면, 그 아미노산 배열에 의해서 DNA probe를 제작하여 cDNA를 cloning한다. 이 단계에서 단백질의 전 일차구조와 기능 도메인이 결정되고, 기지의 단백질의 기능 도메인과의 상동성으로부터 그 단백질의 대략적인 기능을 유추할 수 있다. 또한 발현 벡터에 조합시킨 cDNA를 세포에 도입하고 그 단백질의 발현에 의한 세포 형질 (예를 들면 세포 증식능, 분화능)의 변화를 조사하거나 인위적인 점 돌연변이를 일으켜서 변이 단백질을 제작하고 그 작용을 분석할 수가 있다. 그 위에 in situ hybridization을 이용해서 목적 유전자를 생체 내에서의 발현 부위를 알 수가 있다. <br />