경도가 높은 gel은, 즉 편목 구조가 적어지고, 작은 단백질을 분리하는데는 적당한 gel이 될 수 있다. 분자량에 관한 정보가 전혀 없을 경우에는, 10~20% gel을 사용하고 분자량 20000부터 200000 정도의 단백질을 1매의 gel에서 검출하는 것이 가능하다. Acrylamide의 농도 구배를 이용한 gel (gradient gel) 을 사용하는 방법도 있다.&nbsp;<br />

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