InterProScan은 단백질 도메인과 기능적인 부위들(functional sites)에 대한 정보를 모아 놓은 데이터베이스로서 신규 단백질의 기능을 예측하는데 널리 사용되고 있다. 지금까지 알려진 단백질 관련 데이터베이스인 UniProt, PROSITE, PRINTS, Pfam, ProDom, SMART, TIGRFAMs, PIR SuperFamily(PIRSF), SUPERFAMILY 등의 데이터베이스를 모두 통합해 놓았기 때문에 한번의 단백질 서열 검색으로 다양한 결과를 얻을 수 있는 편리한 기능을 제공한다