단백질과 peptide에서 amino acid 잔기(Peptide 중에서 양단의 아미노산 이외에 아미노산은 한 분자의 물을 잃은 형태)간의 amide결합을 peptide결합이라고 한다. 즉, 한 아미노산의 α-carboxyl기와 다음 아미노산의 α-amino기 사이에서 1㏖의 물(H2O)이 제거되면서 -C-CO-NH()와 같이 결합된다. 이와 같이 2개 이상의 아미노산이 탈수작용에 의해 결합된 것을 peptide라 한다.
peptide는 peptide결합한 아미노산의 수(구성아미노산의 수)에 따라서 2∼10개인 것을 oligopeptide(di, tri, tetra…), 10∼50개인 것을 polypeptide, 그리고 50개 이상인 것을 단백질이라고 한다. 절대적인 기준으로서는 볼 수 없지만 이러한 단백질 및 peptide를 구성하는 물질의 종류에 따라 아미노산만으로 된 것을 homopeptide라고 하며 비아미노산 성분을 함유한 것을 heteropeptide라 한다.
단백질의 1차 구조를 이루는 결합은 amino acid끼리 이어진 peptide bond(Amide Bond, -CONH-)이다. 이것은 C와 N이 서로 전자를 공유하는 공유결합(Covalent bond)을 이루고 있으며, 또한 이 결합은 이중 결합성을 띄고 있으므로 가열, 묽은 산 또는 묽은 알칼리 처리에 의해서도 끊어지지 않을 만큼 강하다. 단백질의 구성단위인 아미노산은 매우 적은 양이지만 모든 세포에 들어있으며 또한 단백질의 전구물질이다.