Alignment에서 유전자의 상실로 인한 Gap이 발생할수 있다.이때 진화적으로 처음 Gap의 발생은 어렵지만 Gap이 연장되는것은발생빈도가 높으므로 낮은 penalty를 받게 된다.ㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡA T G C G T A C T G│││││││ ││A T G C G T A T Gㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡㅡ