1. exon과 intron의 분석
intron이 시작되는 위치는 GT로 시작하여 AG로 끝나게 된다.
2. 유전자의 시작 근처에는 GC의 양이 많이있다.
따라서 5프라임에 염기서열중 GC가 많이 있다면 유전자일 가능성이 높다.
3. 사람에게서 주로 사용하는 코돈이 있다.
사람에게서 알라닌을 코딩하는 코돈은 주로 GCC가 쓰이게 되는데
만약 어떤 부분에 알라닌을 GCC로 많이 코딩을 한다면
이 지역이 유전자일 가능성이 높다.
즉 실제로 사용되는 코돈의 빈도가 높아야 한다.
4. 단백질의 구조를 분석해 본다.
만약 알파 - 헬릭스를 코딩하는 유전자가 많이 있다면
이 부분은 막 단백질일 가능성이 매우 높다.
5. 유전자라고 생각되는 부분을 망가트리는 방법이 있다.
이 부분을 mutation을 시켜서 표현형을 보았을 떄 변이가 일어난다면
이부분은 중요한 기능을 하는 유전자임이 틀림이 없다.