기생충학에서는 원충이라고도 한다. 바닷물 ·민물 ·흙 속 또는 썩고 있는 유기물이나 식물에서 살며 동물에 기생하는 것도 많다. 몸은 1개의 세포로 되어 있는데 단체 또는 군체를 이루고 자유유영 또는 고착생활을 한다. 세계적으로 약 3만∼5만 종이 알려졌는데, 한국에서는 원생동물에 관한 연구가 매우 미흡하다.
대부분의 종들이 현미경적 크기인데 몸길이가 보통 3∼300 mμ이지만 맨눈으로 볼 수 있는 것도 있다. 몸은 1개의 세포로 되어 있으나 세포질이 분화하여 여러 가지 세포기관을 이루고 있어 여러 가지 생활기능을 수행하고 있다. 세포기관에는 운동용인 섬모 ·편모 ·위족, 먹이를 집어 넣는 세포구, 배설이나 체내의 수분조절을 하는 수축포, 소화작용을 하는 식포 등이 있다. 대부분의 원생동물은 아메바와 같이 얇은 세포막으로만 싸여 있어 헐벗고 있으나 많은 종류들이 보호용 피복, 즉 외골격을 가지고 있다. 이를테면 방산충류는 규질의 껍데기를, 유공충류는 석회질의 껍데기를 가진다.
영양 방식에는 여러 가지가 있어 유글레나(Euglena)와 볼복스(Volvox) 따위와 같이 엽록소를 가지고 있어 자가영양을 영위하는 것, 숙주로부터 영양분을 흡수함으로써 부생동물성 영양을 영위하는 것도 있는데 대부분의 원생동물들은 임시적 또는 영구적 세포구를 통하여 고체 또는 액체상태의 먹이를 섭식함으로써 완전동물성 영양을 영위한다. 종류에 따라 뜯어먹는 것, 사냥하는 것, 덫을 만드는 것 등이 있다. 이를테면 아메바는 위족으로 먹이를 둘러싸서 삼키고, 디디니움(Didinium)은 짚신벌레(Paramecium)를 재빨리 찔러 통째로 삼키며, 흡관충류는 흡관으로 피식자의 원형질을 빨아들인다. 섬모충류 중에는 섬모로 수류를 일으켜 먹이 입자를 입에서 걸러먹는 것들이 있는가 하면, 육질충류 중에는 위족으로 그물을 만들어 먹이를 잡는 것도 있다. 호흡은 특별한 호흡의 세포기관 없이 산소와 이산화탄소를 세포막을 통한 확산에 의해 교환한다. 생식은 분열 또는 출아에 의한 무성생식 또는 접합이나 배우자에 의한 유성생식을 한다. 이를테면, 짚신벌레는 2분열에 의한 무성생식을 하다가 2개체가 붙었다가 떨어지는 사이에 핵이 교환되어 접합현상을 나타내며, 볼복스는 정자를 만드는 것과 난자를 만드는 것이 있어 유성생식을 하기도 한다.
원생동물은 육질편모충(Sarcomastigophora), 포자충(Sporozoa), 극낭포자충(Cnidospora) 및 유모충(Ciliophora)의 4아문으로 나뉜다. 육질편모충류는 이동운동의 세포기관으로서 편모나 위족, 또는 이 두 가지를 다 가지며, 보통 한 가지 형의 핵을 가지는데 편모충(Mastigophora:유글레나 ·볼복스 ·야광충 ·트리파노소마 등), 오팔리나(Opalinata:오팔리나 등), 육질충(Sarcodina:아메바 ·유공충 ·태양충 등)의 3상강으로 나뉜다. 포자충류(학질병원충)와 극낭포자충류(Nosema bombycis:누에에 기생한다)는 모두 기생동물이며, 이동운동 세포기관이 없고, 포자를 형성하는 시기가 있다. 후자가 극낭이라는 구조를 가지는 데 대하여 전자는 이것을 가지지 않는다. 유모충류는 생활사의 적어도 한 단계에 섬모를 가지며 두 가지 형의 핵을 가진다. 이것에는 섬모충(Ciliata) 1강만이 있으며 짚신벌레 ·종벌레(Vorticella) ·나팔벌레(Stentor) 등이 이에 속한다.