특정 유전자 (혹은 특정 염기서열을 갖는 DNA 조각)를 어떤 생물로부터 분리하여 플라스미드 (plasmid)나 파아지 운반체 (phage vector)에 삽입시켜 재조합 DNA (recombinant DNA)를 만들 수 있다.이를 숙주세포에 도입하여 대량 배양하여 운반체를 추출 분리하면 원하는 DNA 조각의 대량 생산이 가능한데 이 과정을 유전자 (DNA) 클로닝 (Cloning)이라 한다.
클로닝을 통해 특정 DNA를 선택적으로 대량 분리함으로써 DNA 염기서열 분석이 가능해졌다.
이러한 특정 DNA 조각의 삽입을 위해서는 특정 염기서열을 인식하여 절단하는 제한효소 (restriction enzyme)가 널리 이용되고 있다.
제한효소로 절단된 유전자는 DNA 연결효소 (DNA ligase)에 의해 vector에 속에 삽입되어 재조합된다.
재조합된 플라스미드 vector의 경우는 박테리아로 도입되어 숙주 속에서 복제되고 세포분열을 거치면서 그 양이 증가한다.
대량으로 배양한 박테리아로부터 재조합 벡터를 분리하고, 제한효소를 이용하여 원래 클로닝된 유전자를 절단하여 얻을 수 있다