원하는 단백질을 SDS- PAGE에 걸어서 단백질 크기별대로 분리를 시킨다. 이때 분리된 단백질은 코마시불루라는 염색약으로 단백질을 염색을 하여 볼수 있다. 이 단백질들을 nitrocellolose로 옮기는데 이 방법을 western transfer이라고 한다. transfer을 시킨후 단백질에 방사선동위원소를 처리한 항체를 처리하여 원하는 단백질을 분리할 수 있다. 방사선 동위원소를 처리하거나 특정효소, 혹은 형광물질로 표지를 할 수 도 있다.