cDNA subtruction에 대한 그림과 절차는 위와 같다.
cDNA subtruction은 2 종류의 조직 (혹은 세포) 중에서 한쪽에서 특이적으로 발현하고 있는 유전자의 cDNA clone을 분리하는 방법이다. 목적한 조직의 mRNA에서 합성한 한쪽 쇄 cDNA 대조조직 (혹은 세포)의 mRNA와 incubate해서 cDNA/mRNA 복합체를 형성시킨다. 양쪽의 조직에 공통적으로 발현하고 있는 mRNA는 cDNA와 복합체를 형성시킨 다음 이 복합체를 제거한 후, 특이적 혹은 과도하게 발현하고 있는 유전자의 cDNA를 회수하는 것으로 목적 유전자의 cDNA clone을 얻을 수가 있다. 복합체의 제거에는 대조조직의 mRNA를 고정화시킨 column을 이용하는 방법과 대조조직의 mRNA를 biotin으로 labelling하여 avidin과의 복합체를 제거하는 방법 등이 알려져 있다.