세균(細菌) 또는 박테리아(라틴어bacteria, 단수형: bacterium)는 생물의 주요 분류군이다. 세포소기관을 가지지 않은 대부분의 원핵생물이 여기에 속한다. 원핵생물 중에서 고세균이 세균과 다른 계를 이루고 있다는 것이 최근에 밝혀졌다. 이를 엄밀하게 구분하기 위해 진정세균(眞正細菌. eubacteria)이라는 말을 쓰기도 한다. 박테리아라는 이름은 "막대기"라는 뜻의 고대 그리스어에 비롯되었며, 옆의 그림에 있는 박킬루스 박테리아의 모양을 보면 쉽게 이해가 갈 것이다. 박테리아는 1676년 네덜란드의 현미경을 발명한 안톤 반 레벤후크가 처음으로 관찰된 것으로 알려져 있다.