TransFac
TransFac은 biobase사의 유료 프로그램으로 유전자 발현 조절에 관여하는 전사인자의 데이터베이를 이용해 입력된 서열의
transcription factor와 transcription factor binding site등의 정보를 제공한다.
TransFac database는 단순한 정보만 제공하는것이 아니라 Match와 Patch를 이용해 Transcription factor binding sites를 예측할수 있어서
생물정보학 뿐만 아니라 생물학에서도 많이 이용되는 프로그램중의 하나이다.
#Database composition
- Factor : Transcription factor의 발현 패턴과 관련된 정보와 기능적, 구조적, 물리화학적인 성질에 관한 정보를 제공하며 전사인자의 binding domain의 성질에 따른 정보도 제공한다.
- Site : Trnascription factor binding site와 관련된 정보를 제공하며 genomics sequence와 consensus binding sequence 정보를 제공한다.
- Matrix : Transcription factor binding site를 예측하기 위한 matrix를 제공하며 default로 저장되어있는것 뿐만 아니라 user define matrix도 만들수 있다.
- Gene : Transcription factor에 의해 조절되는 gene에 관한 정보를 제공한다.
- Class : Transcription factor를 DNA-domain에 따라서 분류한 것이다.
- Refrence : 관련 Refrence를 제공한다.
# Tools
- Match : TrnasFac database를 이용하여 Position Specific Weight Matrix를 이용하여 Genomic sequecne의 Transcription Factor Binding Site를 예측할수 있다.
- Patch : TransFac database에서 만들어진 Transcription factor binding site의 pattern을 이용한 genomic sequence의 Transcription factor binding sites를 예측할수 있다.