FASTP/ FASTN
Lipman, Wilbur, Pearson 등이 hashing과 윈도 설정의 방법을 고안해 만든 FASTP[protein search]와 FASTN[nucleotide search]은 local homology alignment를
포함한 FASTA로 발전하여 데이터베이스를 이용한 homology search에 사용되며, Altschul과 Karlin이 Homologous candidate fragment선정과
extension방법을 이용하여 개발한 BLAST는 데이터베이스를 이용하여 local homology search를 위한 가장 많이 사용되는 툴이다. 최근 BLAST의 단점인
Gap처리가 안되는것을 보안한 BLAST2가 나와서 BLAST를 대체하고 있다.