시간적인 개념보다는 homology percentage에 의한 block을 찾은 것이다. 일반적으로 진화적으로 봤을 때 분지가 최근에 일어났다거나, 비교하려는 query sequences가 긴 경우에는 높은 BLOSUM, 낮은 PAM을 사용하게 된다. 하지만 query sequences가 짧거나 진화적으로 분지된 시간이 먼 경우에는 높은 PAM, 낮은 BLOSUM을 적용해 사용한다.