BLAT은 DNA나 단백질 서열들을 BLAST와 같은 기존의 프로그램보다 더 빠른 속도로 pair-wised alignment를
하는 프로그램으로, Genome browser를 개발한 University of California, Santa Cruz에서 대량의 DNA나 단백질
서열 데이터를 [[Genome]]에 mapping 시키기 위해서 개발된 프로그램이다.
특히, BLAST나 FASTA와 같은 다른 local alignment program들과는 달리 일치된 서열 조각들을 하나의
긴 global alignment로 보여줌으로써 genome상에서 intron과 exon부분을 위치를 알 수 있게 해준다.