단백질서열의 통계적 분석(Statistical Analysis of Protein Sequences, SAPS) 알고리즘은 주어진
질의서열에 대한 심도 있는 통계적 정보를 제공한다. 단백질 서열이 SAPS 웹상으로 제출되면
서버는 그 서열로부터 추론될 수 있는 것에만 근거하여 그 단 백질의 물리화학적 정보를 대량으로
제공한다. 결과 출력은 아미노산의 종류별 개수를 포함한 조성분석으로 시작한다. 이어서
전하분포분석이 나오는데 양성 또는 음성부분의 클러스터, 전하를 띤 세그먼트, 전하를 띠지 않은
세그먼트, 그리고 전하 흐름과 패턴 등이 포함된다. 마지막으로 점수가 높은 소수성 막통과
세그먼트, 반복적 구조 및 다중적 구조에 대한 정보와 주기성 분석에 관한 정보가 나온다.